La Pontificia Universidad Javeriana de Cali, consciente de los rápidos cambios en las estructuras productivas y organizacionales en el ámbito mundial y sus efectos en el país y de manera particular en la región del Valle del Cauca, creó en 1991 el primer programa de posgrado: Sistemas Gerenciales de Ingeniería con dos énfasis uno en producción y proyectos y otro en Gerencia Informática.

En el mismo año y como respuesta a la coyuntura en el área se creó la Especialización en Gerencia de Construcción con el objetivo primordial de aportar en el desarrollo de empresas de productos y servicios de construcción y la administración de obras civiles.

En 1997, la Universidad en convenio con la Universidad Pontificia Comillas de Madrid – España, estableció la primera Especialización en Logística Integral en Colombia. En la actualidad no existe el convenio, pero el programa logró consolidarse en la región.

Hasta la fecha se han graduado 1202 estudiantes de los tres programas de posgrado.