Período colonial 

1623: El 13 de junio, la Audiencia y el Arzobispo reconocen el Breve Pontificio de Gregorio XV (1621) y la Real Cédula de Felipe IV (1622), que autorizaban los grados en el Colegio que la Compañía de Jesús había establecido en Santafé desde 1604. De esta forma se inaugura jurídicamente la Academia Javeriana y su primer Rector es el Padre Baltazar Más.

1636: El 1 de abril, se abre la Cátedra de Medicina, la primera en el Nuevo Reino. Las clases de Filosofía o de Artes habían sido establecidas desde 1608 y las de Teología en 1611.

1706: El 13 de junio, se abre la Facultad de Derecho.

1767: Se hace efectivo en Santafé el real decreto de Carlos III que ordena la expulsión de la Compañía de Jesús de los dominios españoles. Los jesuítas sólo se establecerán de nuevo en Colombia de manera definitiva en 1884.

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Período contemporáneo

1930: El 1 de octubre, se firma el Acta de Restablecimiento de la Universidad Javeriana. El año siguiente, el 16 de febrero, en el Colegio San Bartolomé del cual era Rector el P. José Salvador Restrepo SJ. se inaugura la Facultad de Ciencias Económicas y Jurídicas. El P. Jesús María Fernández SJ. es el primer Decano.

1937: La Universidad (reconocida oficialmente por el Gobierno Colombiano el 12 de diciembre de 1933) es erigida canónicamente como Universidad Católica el 31 de julio y sus primeros estatutos se aprueban el 24 de agosto. En este mismo año, la Santa Sede le confiere el título de Pontificia.

1946: El 19 de marzo, se coloca la primera piedra del Hospital de San Ignacio que se construiría en el predio de la Carrera 7 entre calles 40 y 41. A éste se trasladó luego el antiguo Hospital de la Providencia a cargo de la Facultad de Medicina, creada en 1942.

1952: En diciembre, la Universidad deja su sede de la esquina de la Plaza de Bolívar para trasladarse al edificio construído en la carrera 7 entre calles 40 y 41, el más antiguo del actual campus.

1979: El 22 de junio, el Consejo de Regentes aprueba la creación de la Seccional en Cali. Desde 1970, la Universidad había iniciado labores con una "Extensión".

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La Universidad Javeriana en Cali

1970: El 6 de octubre, la Universidad inició actividades en la ciudad de Cali, con el programa de Contaduría Pública y como "respuesta concreta a las peticiones explícitas de la comunidad vallecaucana".

1978: El 20 de noviembre, el Consejo Directivo Universitario aprobó para la Extensión el nombre de PONTIFICIA UNIVERSIDAD JAVERIANA, SECCIONAL CALI.

1980: Se abre la carrera de Ingeniería Industrial.

1983: Es nombrado el primer Vicerrector en propiedad, el P. Álvaro Jiménez S.J., hecho que da mayor solidez jurídica a la Seccional. Inician los ciclos básicos de Ingeniería Civil y de Ingeniería Electrónica. Educación Continua comienza actividades.

El 1 de octubre se inaugura la actual sede, al sur de la ciudad.

1984: Se abre la carrera de Ingeniería de Sistemas.

1985: Se inicia la carrera de Psicología con énfasis en Psicología Educativa, Psicología Organizacional y Psicología Clínica.

1987: Comienza a operar la Maestría en Estudios Políticos, primera en el occidente colombiano, y la carrera de Administración de Empresas, con énfasis en Agroindustria, en Mercadeo y en Negocios Internacionales.

1989: Inicia labores la Maestría en Educación con énfasis en desarrollo y evaluación curricular. Se crea el Centro de Servicios en Psicología, actualmente CESIP (Centro de Servicios e Investigación en Psicología).

1990:  Se inaugura la Especialización en ONG, única en América Latina y con un alto contenido social. Se conforma el Departamento de Lenguas Modernas.
 
1991:  Se inicia el  posgrado en  Sistemas Gerenciales de Ingeniería, Sistemas Gerenciales de Ingeniería con énfasis en Informática y Telecomunicaciones.
 
1992:  Se inicia el programa de Especialización en Contraloría Financiera y se abre el nuevo énfasis de la Maestría en Educación: Informática y Educación. Se completa el plan básico de la carrera de Ingeniería Electrónica.
 
1995:  La Facultad de Humanidades y Ciencias Sociales inicia las Especializaciones en Psicología de la Familia y en Ética y Pedagogía de Valores y  abre el nuevo énfasis en Docencia Universitaria en la Maestría en Educación. Se abren las especializaciones en Administración de Salud en la Facultad de Ciencias Económicas y Administrativas y Gerencia de Construcciones de la Facultad de Ingeniería en el primer período del año.
Surge el Departamento de Economía, el Centro de Investigaciones sobre Economía y Competitividad Internacional, CIECI y la carrera de Contaduría en horario diurno.
 
1996:  A partir del nuevo enfoque que se le da a la especialización de Gestión y Administración de Organizaciones no Gubernamentales ONG, se abre la Especialización en Gerencia Social; igualmente se inicia la Especialización en Gobierno Municipal. Se crea el Instituto de Salud Pública y se abre la Especialización en Gestión Aplicada a los Servicios de Salud, en convenio con la DSE de Alemania y FUNDAPS.

1997:  Se pone en marcha el Estatuto Docente, se consolidan la Dirección Académica y la Dirección de Comunicaciones; se fortalecen los Departamentos existentes; se reubica el Departamento de Ciencias Religiosas en la Facultad de Humanidades y Ciencias Sociales; se fortalecen las relaciones con egresados y de la Empresa-Universidad.

1998:  Este año se destaca por el ejercicio de Autoevaluación Institucional con miras a la acreditación del programa de Ingeniería Industrial, siendo éste el primer programa de Ingeniería Industrial acreditado en Colombia por el Consejo Nacional de Acreditación y el primer programa universitario acreditado en el Suroccidente colombiano; se creó la Especialización de Mercadeo; se complementó la Carrera de Ingeniería Civil que anteriormente se debía culminar en la sede de Bogotá y se consolidó el Departamento de Humanidades en la Facultad de Humanidades y Ciencias Sociales. Se implementa la especialización en Logística Integral.
 
1999:  Se crea y se pone en marcha el Centro Deportivo Loyola, espacio importante como fuente de salud y vida de estudiantes, profesores y empleados de la Universidad y como complemento de la formación integral de nuestros alumnos. Se adquiere el laboratorio en automatización industrial con tecnología de punta que permite el trabajo interdisciplinario y la investigación de los estudiantes y profesores de las carreras de Ingeniería.
 
2000:  Se inician las carreras de Derecho y Economía. Se puso en marcha el proyecto de «Evaluación de Docentes».

2001:  La carrera de Administración de Empresas es acreditada por el Consejo Nacional de Acreditación, siendo la primera carrera de Administración de Empresas acreditada en el Suroccidente colombiano. Se inicia la carrera de Ciencia Política.

2002: Se inicia la carrera de Comunicación. Se construye el Auditorio Javeriano para la Universidad y la comunidad en general, con capacidad para 750 personas, espacio importante en donde armonizan la cultura y la ciencia.

2003: Dando respuesta a los nuevos estatutos de la Pontificia Universidad Javeriana, se crearon la Rectoría de la Seccional y las Vicerrectorías Académica y del Medio Universitario.
 
Se aprobó la especialización en Administración de Negocios por vía Electrónica, se llevó a cabo la configuración y parametrización necesarias para la implantación del nuevo Sistema Integral Universitario SIU. Se pusieron en marcha los módulos de Unidad del Campus y Admisiones en el desarrollo del proceso de admisiones de los programas de pregrado y posgrado para el primer periodo de 2004. Igualmente se hizo la preparación de los módulos de Registro de Estudiantes y Consejería Académica, para el proceso de matrículas del primer período de 2004 de la Facultad de Humanidades.
 
2004: La carrera de Ingeniería de Sistemas obtiene la Acreditación. Se inicia la Especialización en Administración de Negocios por  vía electrónica. Se construye el nuevo edificio de Los Almendros. Se implementa y consolida el Sistema Integrado Universitario  SIU.
 
2005: Por su alta calidad académica la carrera de Ingeniería Electrónica es Acreditada y la de Ingeniería Industrial  es Reacreditada por segunda vez; Se inicia la especialización en Derecho Comercial;  se pone en marcha la Reforma Curricular y se consolida Sistema Integrado Universitario SIU en todas las facultades, como herramienta importante para agilizar los procesos administrativos y facilitar el proceso académico de estudiantes y profesores.
 
2006: Se inaugura la Comunidad San Alberto Hurtado ubicada en el Colegio Berchmans. Se pone en marcha la departamentalización. Se abren inscripciones para la especialización en Medición de Conflictos. La Reacreditación de la carrera de Administración de Empresas, la Acreditación y Registro de Alta Calidad para nuevos programas, la creación de nuevos programas de pregrado, posgrado y educación continua acordes con las necesidades de la región, el fortalecimiento de la investigación y el cumplimiento de los planes de desarrollo propuestos en la planeación estratégica 2006-2011 son los derroteros para el año 2006.

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