El segundo periodo abarca de 1989 al 2005, comprende 16 años y se desarrolló durante las vicerrectoras de los padres Raúl Posada Vélez S.J., Javier González Rodríguez S.J. y Joaquín Sánchez García S.J.

Hay un cambio de enfoque a Planeación Estratégica y  fue estructurado a partir de tres ejercicios:

• El primer ejercicio ser realiza entre 1989 y 1996, se produce el documento "Diseñando el Futuro" publicado en 1993, el cual comprende Misión de la Seccional y las formulaciones institucionales sobre: La Formación Javeriana, La Universidad Javeriana Cali y su entorno, los Criterios para la proyección del desarrollo de la Universidad Javeriana en Cali y los núcleos estratégicos para desarrollar Currículo, Docente y Medio Universitario.
  
  
• El segundo ejercicio se desarrollo entre 1997 y 2000, a partir del documento "Diseñando el Futuro"  se hacen algunas ampliaciones y se incluyen nuevos elementos: La Visión de la Universidad Javeriana Cali, dos núcleos estratégicos llamados Sociedad y Universidad y la Investigación, además se creó el Proyecto Educativo de la Universidad Javeriana. Igualmente las unidades académicas, administrativas y la Decanatura del Medio Universitario formularon los programas y proyectos a través de los cuales se pretendía cumplir la Visión.
  
  
• El tercer ejercicio se desarrolla entre el año 2000 y 2005. Consistió en la ejecución de los programas y proyectos  planteados. El esfuerzo  se concentró en coordinar y dar unidad a la ejecución y seguimiento, lo cual exigió la creación de una plataforma de gestión que soportara el proceso de monitoreo y control.
  
  

En el año de 1991 la Universidad adopta formalmente la Planeación Estratégica, como modelo para planear sistemática y científicamente su desarrollo integral, para proyectarse en su identidad y su quehacer a corto, mediano y largo plazo, como entidad educativa con vocación de liderazgo, moderna, siendo consecuente  con sus metas intrínsecas de excelencia humana y científica a la vez acorde a las demandas educativas al sector suroccidental del País.

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