Durante el tercer ejercicio de planeación 2000-2005, el trabajo se concentró en hacer realidad la plataforma estratégica formulada en los programas y proyectos de las unidades universitarias. Lo anterior a través de la práctica productiva y moderna de gestión académica, administrativa y del medio universitario.

Se inicia el camino de formulación de indicadores, con la intención de realizar mediciones sobre el grado de avance para el logro de los núcleos estratégicos formulados. De otra parte, se crea el SIPGE, sistema de información para la planeación y el seguimiento de la gestión. Este sistema hace posible el reporte organizado y sistemático de la actividad estratégica y de las orientaciones formuladas por la Vicerrectoria (hoy Rectoría) a todas las unidades académicas y las dependencias administrativas de la Universidad.

Se producen informes de gestión anuales y los comentarios del Rector sobre los mismos.