La estructura administrativa del Programa se compone de un Consejo Directivo, un Director General del Programa, Tres Coordinadores Regionales en Bogotá, Cali y Medellín y un Asistente Administrativo y Financiero.

Jóvenes con Empresa opera en Bogotá, Cali y Medellín. La Fundación Corona es la encargada de coordinar el proyecto a nivel nacional, Comfama y Comfandi operan el proyecto en Medellín y Cali respectivamente.

El Programa cuenta con una red de 38 instituciones entre Universidades y Fundaciones en Bogotá, Cali y Medellín, quienes son los encargados de operar el Programa.